Slaughter 2: Prison Assault đưa người chơi vào một khung cảnh hỗn loạn sau một cuộc vượt ngục tập thể. Lúc này trong vai trò một người lính đặc nhiệm đơn độc bạn bắt đầu hành trình tìm hiểu những âm mưu đen tối.