Điểm khác biệt trong Master X Master là người chơi có thể nhanh chóng chuyển đổi giữa 2 nhân vật với nhau và điều này sẽ khiến cho họ có thể thực hiện các combo đòn đánh theo ý của riêng mình. Tất nhiên trong quá trình chơi, 2 nhân vật này sẽ di chuyển cạnh nhau, và người chơi chỉ có thể điều khiển 1 nhân vật cùng lúc (nhân vật còn lại sẽ có thể auto tấn công).